财务咨询公司和代理记账公司都是为企业提供财务服务的机构，但它们之间存在一些明显的区别。

首先，财务咨询公司通常是由专业的会计师和财务专家组成的团队，他们具备丰富的财务知识和经验，能够帮助企业制定合理的财务计划、优化成本结构以及解决财务问题。而代理记账公司则主要负责企业的日常账务处理工作，包括登记、核算和监督企业的会计业务。

其次，在服务内容上，财务咨询公司更注重的是对企业财务状况的全面分析和诊断，帮助企业发现和解决问题，并提供相应的解决方案。而代理记账公司在处理账务方面更加专业化，能够快速准确地完成各种记账和报税任务；同时，他们还能够提供相关的税务咨询服务，协助企业合理避税，降低企业风险。

此外，两者在收费方式上也存在差异。由于财务咨询公司的服务范围较广，涉及到的项目较多，因此他们的收费标准相对较高，一般按照小时计费或按项目付费。相比之下，代理记账公司的收费方式较为灵活，可以根据客户的需求进行定制化的收费模式，如固定费用、按月收费等。

最后，在人员配备上，财务咨询公司通常会有多名专业人员组成一个完整的团队，其中包括注册会计师、税务师等，以应对不同的问题和需求。而代理记账公司通常只有一两名会计人员，负责日常的记账、算账等工作。这种人员配置上的差异也导致了两种机构在服务质量和工作效率方面的不同。

综上所述，财务咨询公司和代理记账公司虽然都属于财务服务行业，但在服务内容、收费方式、人员配备等方面存在着明显的不同。选择哪一种机构取决于企业的具体需求和预算情况。